Te ofreceré un par de tácticas que yo usaría, primero estamos contra un kakuzu que es inmune a combo. su básico recupera vida y su esotérica quita un gran porcentaje de la misma.

Como yo lo veo, es difícil hacerle counter a un ninja de tal calibre, pero no es imposible.
Primero es fijarse su equipo, si tiene main tierra ten por seguro que tiene esotérica de escudo, o esotérica de limpiar estados y agregar ataque extra. Si tiene la 2da lo importante es inmovilizar a su main con algún otro ninja (main rayo, obito, itachi susano etc etc).
Ahora el tema del escudo bien sabemos que el main tierra da un gran % de escudo dependiendo de la resistencia y defensa del mismo, si tiene kakuzu entonce su resistencia y defensa deben ser buenísimas. Para contrarrestar esto usaría ninjas que limpien buenos estados (Han entre otros pocos)
Ahora mi táctica es esta y lo usare con estos ninjas continuación:

Kushina (Esotérica de eliminar estados + daño critico asegurado) 1era posición
Main rayo (esotérica de causar sellado de puntos) o Main fuego (esotérica de sellado + básica que provoca dormir) 2da o 3era mas recomendable desde mi punto de vista es en 3era
Obito o cualquier ninja que cause inmovilizaros que pueda causarle a su kakuzu que no tire básico (Itachi susano recomendadisimo por que duerme por 2 turnos)
Y en 4ta un ninija que de buffeo en campo esto es super importante, ya que tienes que hacer que su main o algun ninja de su otro equipo muera de manera rapida si es en lo posible en el primer turno dejando solo a su kakuzu.

Ahora aclaro, si te saca una diferencia de poder significativa (15k o +) es muy muy muy difícil que tu equipo dure contra un kakuzu skill.