Sirven para subir poder, pero mas especificamente sirver para:
Moradas: dan primer atake
Amarillas: dan golpe critico
Rojas: dan daño critico

Celestes: dan control
Verdes: combo

Lo que hacen es darte mas de esas caracteristicas, cuanto mas alto el nivel de la runa mejor son sus atributos. Lo recomendable (creo) es que subas lo mas que puedas las runas que pertenecen a tu ninja de primer movimiento y al resto lo dejes con runas de nivel 5 o 7 y asi ir subiendolas de a poco.
Ya debes saber que esas runas salen en la cueva misteriosa y necesitas llaves, pues consigue tomas las llaves qeu puedas (1050 minimo) y usalas solo cuando el evento de runas esta activo, ahi obtendras mejores resultados, mas llaves y escensias doradas (eso es otra cosa).
Suerte maquinola!

Que diferencia hay entre las de golpe y daño critico?

Golpe aumenta la probabilidad de critico, y el daño critico pues eso xd.